Wie aber war es soweit gekommen? Dazu muss man beim Jahr 58 beginnen, als Caesar sein kriegerisches Engagement in Gallien startete und Pompeius die Position des Ersten Mannes in Rom anstrebte. In Publius Clodius Pulcher hatte Caesar einen wertvollen, wenn auch nicht unproblematischen Mitstreiter gefunden. Clodius war ein sehr aktiver Volkstribun, der eine wesentlich erfolgreichere populare Politik fuhr, als es Caesar gelungen war. Gleich mehrere Ackergesetze, Provinzaufteilungen und ähnliches konnte Clodius durchsetzen. Im Jahre 58 verjagte man Cicero aus Rom, da Clodius über die Verurteilung der Catilinarier durch den ehemaligen Konsul wetterte. Cicero wurde verbannt. Es folgte in den nächsten Jahren ein ständiges Hin und Her, die Lage in Rom wurde zunehmend chaotischer und anarchischer, denn jeder Gesetzesvorschlag wurde durch den Terror bewaffneter Horden durchgesetzt. Der Senat forderte die Rückkehr Ciceros, Pompeius zog sich nach einem angeblichen Anschlag vorläufig aus der Politik zurück. 57 durfte Cicero nach Rom zurückkehren, nachdem es zu Tumulten und Hungerrevolten gekommen war, und sollte später Caesar seine Dankbarkeit erweisen, denn zweifellos hatte dieser die Rückkehr wohlwollend gefördert.
Wieder kam es zu Unruhen und Gerichtsverfahren aller gegen alle. Pompeius, der seine Felle davonschwimmen sah, verschaffte sich ein außerordentliches Kommando zur Beschaffung von Getreide. Dank Caesars Vermittlung und dem mäßigenden Einfluss der Julia (Frau des Pompeius und Tochter Caesars) gelang es 56 in Lucca, das Triumvirat zu erneuern. 55 schafften es Pompeius und Crassus, mit Hilfe bewaffneter Einschüchterungstrupps die Konsulatswahlen herauszuzögern (es gab ein interregnum) und sich schließlich selbst wählen zu lassen. Die ersten Entscheidungen besagten, dass Pompeius Spanien und Crassus Syrien als prokonsularische Provinz erhalten sollten, Caesars Prokonsulat wurde bis zum Jahre 50 verlängert. Nun sah die Lage für Caesar schon rosiger aus und durch massive Bestechungen konnte er auch die Konsuln von 54, Domitius Ahenobarbus und Claudius Pulcher, auf seine Seite bringen. Crassus reiste nach Syrien ab, Pompeius blieb in Italien und ließ seine Amtsgeschäfte in Spanien, wo keine Möglichkeit zum Krieg bestand, von anderen führen.
Jetzt kam es allerdings zu einem zu einem für Caesar unerwarteten, traurigem Ereignis: Seine Tochter Julia starb, und die verwandtschaftliche Beziehung zu Pompeius war abgerissen. Die Ehe zwischen Pompeius und Julia war wohl glücklicher Natur gewesen zu sein: unter ihrem Einfluss scheint sich der alternde Militär mehr den Vergnügungen, vor allem kultureller Art, zugewendet zu haben. Scheinbar besuchten er und seine junge Frau diverse Theateraufführungen und sonstige kulturelle Hochgenüsse, Pompeius erbaute ein großes Theater. Einerseits führte dies dazu, dass er scheinbar nicht auf den Gedanken kam, neidisch auf Caesar zu sein - dessen Stern kometenhaft empor strebte - und gegen ihn zu opponieren; Andererseits zog sich Pompeius auch mehr aus der Politik zurück, was dazu führte, dass die Sitten in der Hauptstadt verrohten und politische Entscheidungen mit Hilfe der Volksversammlung und marodierender Banden durchgesetzt wurden - was hauptsächlich auf Publius Clodius zurückging. Es war wohl in dieser Zeit, dass der Senat nach einem starken Mann suchte, der die Verhältnisse in Rom wieder ordnen konnte...diese Person konnte eigentlich nur Pompeius sein. Viele Senatoren, vor allem die Optimaten (deren fundamentalistischen Anhänger sich selbst als die "boni" bezeichneten, z.B. Cato, Bibulus, Metellus Scipio) werden erhebliche Bauchschmerzen bei diesem Vorgang bekommen haben. Oft hatte Pompeius gegen sie Entscheidungen durchgedrückt, jedoch: es blieb ihnen keine Wahl - niemand sonst hatte den Einfluss, die dignitas und zur Not auch die entsprechenden Veteranen zur Verfügung, um für Ruhe in der Stadt zu sorgen. So entfremdete sich Pompeius unter dem Einfluss der Optimaten zunehmend Caesar, was auch deutlich durch Pompeius nächste (und letzte) Ehe wurde: er heiratete Metalla, die Tochter des Metellus Scipio. Später würde dies dazu führen, dass sich Pompeius unversehens als Gegner Caesars wiederfand, mit einem Haufen Optimaten und Boni im Kommandantenzelt die sich über seinen Führungsstil (man ließ sich als hochgeborener Römer eben nicht gerne etwas von einem picentischen General sagen) mokierten und ihn letztlich in die Niederlage trieben; Später dazu mehr.
Vorerst aber sorgte Pompeius für eine gewisse Konsolidierung in der Stadt und baute zarte Verbindungen zu der senatorischen Führungsschicht auf. 53 und 52 verursachte Pompeius jeweils ein interregnum, das heißt, er verhinderte die Wahl eines Konsuls - somit war er so etwas wie ein Alleinherrscher, denn niemand außer ihm hatte soviel Einfluss, wie er. Auch ansonsten war die Zeit mal wieder geprägt durch etliche Prozesse, Gesetzvorschläge und Abstimmungen, die Lage blieb angespannt, die Stimmung war aufgeladen.
Im Dezember 53 (oder Frühjahr 52) verübte Milo einen blutigen Überfall. Milo war zuvor ein Gegner des Clodius gewesen und hatte sich mit seinen Schlägerbanden wüste Prügeleien mit den Truppen des Clodius geliefert. Offenbar ermuntert von Pompeius, der gerne andere die Drecksarbeit für sich erledigen ließ (z.B. durch die unzähligen von ihm bezahlten und gedungenen Volkstribunen), machte er auf der Via Appia nahe Bovillae den Clodius nieder. Clodius war zunächst nur verwundet, aber Milo ließ auch noch die Schenke stürmen, in die Clodius sich geflüchtet hatte. Der Volkstribun, den das Volk verehrte, wurde erschlagen. Tags darauf traf der Leichnam des Volkshelden in Rom ein und das aufgebrachte Volk brannte die Curia samt dem Toten nieder. Die Konsulkandidaten, beides Optimaten (denen der Tod des Rabauken sehr gelegen kam), wurden vom tobenden Volk belagert und bedroht, die Protestler konnten jedoch vertrieben werden.
Pompeius ließ Milo, den er wahrscheinlich unterstützt hatte, nun wie eine heiße Kartoffel fallen und beschuldigte ihn auch noch eines Mordversuches gegen ihn, Pompeius, selbst. Schliesslich hatte Milo seine Schuldigkeit getan, der populare Unruheherd Clodius war aus dem Weg geräumt. Erneut kam es zu Tumulten in Rom, und der Senat übertrug Pompeius durch ein Notstandsgesetz (Senatus consultum ultimum) das Konsulat mit diktatorischer Vollmacht, denn ein Amtskollege fehlte ihm. Er sollte die Lage in Rom und Italien befrieden. Das Gegenteil geschah. Pompeius wollte jetzt die Macht und strebte sie skrupellos an. Dabei ging er allerdings reichlich ungeschickt, um nicht zu sagen dilettantisch, vor. Im Frühjahr 52 liess er nämlich beschließen, dass Caesar sich in Abwesenheit um das Konsulat 48 bewerben durfte. Damit glaubte er den beunruhigten Caesar zufriedengestellt zu haben, offenbar scheute er einen offenen Bruch und eine klare Politik. Caesar ging es darum, dass er nach der abgelaufenen Zehn-Jahres Frist direkt in sein zweites Konsulat übergehen konnte, womit er immun gegen die etlichen Anklagen wäre, die die Optimaten gegen ihn in der Schublade hatten.
Widersprüchlicherweise ließ Pompeius im Sommer dann allerdings ein Gesetz verabschieden, das die Anwesenheit eines Bewerbers für ein Amt in Rom voraussetzte. Der vergessliche Alleinkonsul ließ der fertigen Gesetzestafel den Zusatz anfügen, dass Caesar eine Ausnahme bilde. Juristisch war das jedoch nicht die Sicherheit, nach der es Caesar verlangte. Langsam fielen die Masken.
Pompeius heiratete also erneut und schlug ein Angebot Caesars aus, der ihm eine seiner (zur Zeit noch verheirateten) Nichten angeboten hatte und im Gegenzug Pompeius' Tochter heiraten wollte (Caesar selbst war noch mit Calpurnia verheiratet). Im Jahre 51 veröffentlichte Caesar dann seine Comentarii, den bellum gallicum. Da der Krieg nach der Schlacht von Alesia angeblich beendet war, forderte einer der Konsuln des Jahres 51 von Caesar die Entlassung seiner Truppen und Caesars Abberufung aus Gallien, was der Senat aber ablehnte. Über das von Caesar an die Bürger von Novum Comum verliehene Bürgerrecht wurde öffentlich gestritten, der Statthalter der Stadt sogar ausgepeitscht, ein offener Affront gegen Caesar.
Bei einer Senatssitzung im Sommer 51 (22.7.) im Apollon-Tempel wurde beschlossen, den Sold an Pompeius' Truppen auszuzahlen und die von ihm an Caesar ausgeliehenen Einheiten zurückzubeordern, um gegen die Parther Krieg zu führen. Caesar gehorchte zähneknirschend, gab den abreisenden Legionen noch ein hohes Geldgeschenk und hob sogleich neue Truppen aus, um seine alte Sollstärke wiederzuerreichen. Die pompeianischen Legionen warteten in Brundisium vergeblich auf ihre Verlegung in Richtung Osten, da die Einschiffung in Erwartung von Kämpfen in Italien verzögert wurde.
Der Senat beschloss am 29.9. über die prokonsularischen Provinzen am 1.3.50 zu verhandeln, womit Caesar eine Abberufung drohte, bevor er als Konsul gerichtliche Immunität genießen konnte. Die Sitzung fand wie geplant statt, jedoch verhinderte Curio, den Caesar nach Clodius' Tod offenbar eingekauft hatte, einen Beschluss mit seinen tibunatischen Veto. Im Sommer 50 kam es zum vieldiskutierten Seitenwechsel des Labienus, eines der fähigsten Unterfeldherren Caesars im gallischen Krieg (wir kennen ihn noch von seinen diversen Siegen gegen die Heere der Treverer). Dennoch verließ er Gallien in aller Eile und reiste zu Pompeius, um diesen fortan zu unterstützen. Caesar, der die schlechte Nachricht zuerst nicht glauben wollte, schickte dem ehemaligen Kameraden schließlich sein Gepäck nach, das er in der Eile vergessen hatte.
Nach allerlei entgegengesetzten Beschlüssen und Abstimmungen fand bei einer Abstimmung am 1.12. ein Antrag die große Mehrheit (370:22), Caesar und Pompeius abzuberufen. Pompeius sperrte sich gegen den Vorschlag, womit auch Caesar eine Befolgung unmöglich war. Vielleicht um Zeit zu gewinnen, vielleicht auch um eine kriegerische Auseinandersetzung wirklich noch zu vermeiden, bot Caesars die Entlassung von Teilen seiner Armee an, er wollte seine italische Provinz abgeben und im Endeffekt nur Illyricum und eine Legion behalten. Der Vorschlag stieß bei Pompeius auf wenig Gegenliebe, denn die Konfrontation war nun fest geplant. Marcellus, amtierender Konsul und Handlanger des Pompeius, verlangte, die Legionen für den Partherkrieg gegen Caesar zu entsenden und übertrug ohne jede Legitimation das Kommando dem Pompeius, der hinter diesen Winkelzügen stand. Damit war quasi der Krieg erklärt. Curio floh am 10.12. zu Caesar nach Ravenna, und Antonius wetterte in einer Rede am 21.12. gegen Pompeius.
Noch im Januar bot Caesar dem Senat an, zurückzutreten, wenn auch Pompeius zurücktreten würde. Dieser wollte nun aber alles und steuerte weiterhin auf Kriegskurs. Der Senat beschloss am 7.1.49 ein senatus consultum ultimum, nach dem Caesar entweder sein Kommando niederlegen sollte oder zum Staatsfeind erklärt würde (zu diesem Zeitpunkt wurde der Senat schon von den Optimaten beherrscht, Caesars Anhänger waren zu ihm geflohen, da sie vorher durch Terrortrupps eingeschüchtert und denunziert worden waren). Auch Antonius floh nun, nachdem die Lage hoffnungslos geworden war. Der Senat übergab Pompeius das Kommando für den Krieg, der sogleich mit der Aushebung seiner Veteranen in Italien begann.
Am 10.1. erreichte die Nachricht Caesar. Er entsandte Truppen unter Antonius gegen Arretium (Arezzo) und Ariminum (Rimini) und überschritt selbst den Rubicon, welchen ein Promagistrat nur ohne Truppen hätte überqueren dürfen. Dabei soll er die berühmten Worte "alea jacta est" von sich gegeben haben, denn die Unvermeidlichkeit des Krieges war nun klar. Was aber mag er empfunden haben, an diesem nebligen Wintermorgen des Jahres 49? Er wusste, dass er das Land in einen brutalen Bürgerkrieg führte, aus welchem nur einer als Sieger hervorgehen konnte. Dennoch war ihm bewusst, dass er die Ereignisse nun nicht mehr aufhalten konnte, außer wenn er sich selbst auslieferte. Zumindest er hatte einiges dafür getan, den Krieg zu verhindern. Jetzt wollte er den Krieg so führen, dass so wenige Römer wie möglich den Tod finden sollten; der Krieg gegen sein eigenes Volk hat ihm mit Sicherheit nicht gefallen.
Am 12. und 15.1. ließ Caesar, der außerordentlich rasch handelte, Pisaurum (Pesaro), Fanum Fortunae (Fano) , Ancona und Arretium besetzen. Es gab erneut Verhandlungen mit Pompeius' Abgeordneten, die jedoch ergebnislos verliefen. Pompeius selbst musste seine erste Niederlage eingestehen, bevor er überhaupt gegen Caesar gekämpft hatte. Dem optimatischen Senat hatte er versprochen, er könne in Italien auf Anhieb 10 Legionen ausheben (Caesar hatte seine Kräfte aufgesplittert und verfügte im Januar nur über eine Legion); sobald er mit dem Fuß aufstampfe, würden sich seine Veteranen erheben, um an seiner Seite zu kämpfen. Zugunsten seiner Prahlerei hatte er die militärische Vorbereitung offenbar völlig vergessen und musste dafür nun die Konsequenzen in Kauf nehmen. Seine Elite-Legionen befanden sich immer noch in seiner prokonsularischen Provinz in Spanien, und in Italien fühlte sich kaum einer bemüßigt, an seiner Seite zu kämpfen, also beschlossen er und der optimatische Senat, Rom und Italien aufzugeben und nach Griechenland überzusetzen, wo man auf die starke Klientel des Pompeius aus den Mithridatischen Kriegen baute. Am17./18. 1. verließen Pompeius und etliche Senatoren Rom und flohen nach Brundisium, den sich nähernden Caesar im Nacken. Pompeius ließ schwer enttäuschte Senatoren und Freunde zurück, die auf ihn gebaut hatten, unter anderem Cicero.
Mittlerweile vereinigte sich Caesar mit einigen seiner Legionen und rückte weiter vor. Sein Unterfeldherr Curio besetzte am 20. Iguvium (Gubbio), Caesar selbst Auximum (Osimo, bei Ancona), Firmum (Fermo) und Asculum (Ascoli) am 3.-8.2.49. Vor Corfinium (Corfinio) musste Caesar endlich eine richtige Belagerung veranstalten, denn dort hatte sich Pompeius' Protegé L. Domitius Ahenobarbus zurückgezogen, mit einer Truppenstärke von ca. 20.000 Mann. Caesars schnelles Vorrücken hatte Domitius von Pompeius abgeschnitten und die Belagerung traf ihn offenbar unerwartet, sein Hilfegesuch an den noch in Italien weilenden Pompeius verhallte ungehört. Caesar nahm die Stadt schon am 21. 2. ein. Allgemein wurde das nach einer Eroberung übliche Blutbad in der Stadt erwartet, Caesar selbst hatte die Gelegenheit, sich an Domitius und 50 römischen Senatoren und Rittern zu rächen. Diese Gelegenheit, die Marius oder Sulla mit Freude wahrgenommen hätten, ließ er ungenutzt verstreichen, er entließ den Gegner sogar einfach und erlaubte denjenigen, die bleiben wollten, den Übertritt in seine Armee. Auch Domitius ließ er gehen, mitsamt der Kriegskasse. Dieser Vorfall, der als die Milde von Corfinium berühmt wurde, sicherte Caesar seinen mildtätigen Ruf und auch die Zustimmung des niederen Volkes. Offensichtlich scheute er sich auch davor, römisches Blut zu vergießen.

Seine Milde machte Caesar berühmt.
Seit seiner Abreise aus Rom im Jahre 58 war er nicht mehr in der Hauptstadt gewesen und seine Rückkehr blieb kurz und unglücklich. Vorher traf er mit Cicero auf dessen Landsitz zusammen, um ihn für sich zu gewinnen. Es ist eine der wenigen Male, wo Cicero sich als aufrichtig und seiner Gesinnung entsprechend loyal verhielt, denn er lehnte Caesars Bitten um Unterstützung ab. Für den 1.4. berief Caesar eine Senatssitzung ein (aus Rücksicht auf seine Promagistratur außerhalb des pomerium, des geweihten Bodens von Rom), wo sich aber kaum mehr als ein Rumpfsenat traf. Darüber hinaus wurden Caesars Reden, Bitten und Anträge vom Pompeianer Metellus erfolgreich abgewehrt. Auch Caesars Vorhaben, in den dreitägigen Sitzungen eine Gesandtschaft an Pompeius zusammenstellen zu können, scheiterte, denn die Anwesenden fürchteten die Rache des in Griechenland weilenden Machthabers, der erklärt hatte, jeden, der in Rom geblieben war, als Feind anzusehen.
Es kam zu einem weiteren Eklat, bei dem Caesar seine Beliebtheit im Volke verlor. Mit seinen Truppen stürmte den Saturntempel, wobei er den Metellus erst gewaltsam vertreiben musste, und plünderte die ungeheuren Schätze des Heiligtums, um seine Kriegskasse aufzufüllen. Unter den Pfiffen der Bevölkerung verließ Caesar Rom, um den Krieg weiterzuführen.
Er ließ einige Legionen zum Schutz Italiens und Illyricums zurück und machte sich auf den Weg ins pompeianische Spanien, um die Gefahr des Zwei-Fronten-Krieges zu beenden. Vor Massilia (Marseille), der unabhängigen Griechengründung unter dem Schutz Roms, traf er auf den ersten Widerstand. Die Stadt täuschte Verhandlungsbereitschaft vor, hielt in Wirklichkeit jedoch zu Pompeius. Im April verstärkte Domitius, in Corfinium noch von Caesar gnadenvoll entlassen, die Masslilianer. Caesar konnte den Spanienfeldzug nicht länger aufschieben, gab den Bau einer Flotte in Auftrag und überließ dem Trebonius mit drei Legionen die Belagerung, die am 4.5. begann.
Caesar selbst stand nun in Spanien mit sechs Legionen den fünf Elite-Legionen des Pompeius unter den erfahrenen Heerführern L. Afranius und M. Petreius (letzterer hatte die Catilinier vernichtet) gegenüber. Auf ihre Ortskenntnis vertrauend, verzichteten die Pompeianer auf eine offene Feldschlacht und führten einen recht erfolgreichen Guerillakrieg gegen Caesars Truppen. Die verschiedenen Scharmützel endeten meistens unentschieden, und auch Caesar drängte nicht auf die Entscheidungsschlacht. Gegen Anfang Juni wurde Caesar durch schwere Regenfälle und den ansteigenden Flüssen vom Nachschub abgeschnitten, die Lage war gefährlich. Diese Nachricht gelangte nach Rom und viele bisher zögerliche Senatoren begaben sich nun schnellstens zu Pompeius, um sich gerade noch rechtzeitig auf dessen Seite zu schlagen, denn jetzt sah er mehr denn je wie der sichere Sieger aus. Caesar jedoch handelte wie immer schnell und außerordentlich kreativ. Er ließ ein Flotte von Lederbooten bauen, die er in Britannien gesehen hatte, und in aller Eile eine notdürftige Brücke errichten. So konnte er der fast aussichtslosen Lage glücklich entrinnen. Daraufhin schlugen sich die Bergstämme nördlich des Ebro auf seine Seite.
Die beiden Heere lagerten nun nahe beieinander und tauschten Besuche aus. Afranius, dem die Besucher aus Caesars Heer offenbar ein Dorn im Auge waren, ließ sie gefangen nehmen und hinrichten und befahl den sofortigen Aufbruch in die Ebrogebiete, wo Pompeius noch aus seiner Zeit vom Kampf mit Sertorius eine starke Klientel hatte. Caesar dagegen schickte die Pompeianer unversehrt zurück zu ihrem abrückenden Heer. Am 28. 7. konnte der schneller aufgebrochene Caesar dem Afranius die Passage über den Fluss verlegen und ihn von der Versorgung abschneiden. Immer noch zögerte er die große Schlacht, die längst überfällig schien, hinaus und führte Verhandlungen. Am 2.8. schließlich kapitulierten die Afranier, ohne das es zur Schlacht gekommen wäre. Erneut erlaubte Caesar ihnen den Abzug, Überläufer durften bleiben. Afranius und Petreius begaben sich zu Pompeius nach Griechenland. Caesar hatte den Krieg in Spanien in vierzig Tagen ohne viel Blutvergießen gewonnen und zur Freude der stadtrömischen Bevölkerung seine Milde unter Beweis gestellt, auch wenn seine Soldaten murrten.
Schnell zog er ins untere Spanien, das rasch kapitulierte. Caesar setzte den unfähigen Longinius als Statthalter ein, der die Provinz ausbeutete und mehrere Aufstände provozierte. Das ist Caesar oft zum Vorwurf gemacht worden, zeigt vielleicht aber auch seine verzweifelte Lage: Durch den Abfall der meisten Nobiles und Senatoren standen ihm nur wenige Männer mit Führungsqualitäten zur Verfügung, der Posten des Statthalters der Hispania Ulterior musste notgedrungen mit dem gierigen Longinius besetzt werden.
Caesar eilte Ende Oktober nach Italien zurück und traf am 25.10. gerade rechtzeitig in Massilia ein, um die Kapitulation der Stadt, die von Seuchen gebeutelt und durch die aus dem Nichts erschaffene caesarianische Flotte erfolgreich vom Nachschub blockiert wurde, entgegenzunehmen. Dennoch demütigte er die Stadt nicht, beließ ihr ihre Quasi- Unabhängigkeit und ließ sie auch nicht plündern.
Diese Entscheidung und seine angeblich lasche Kriegsführung in Spanien führten in Italien zu einer Meuterei seiner IX. Legion, die sich aufs ganze Heer auszuweiten drohte. Caesar reagierte kaltblütig. Er warf den sich um ihre Beute betrogen fühlenden Soldaten Gier vor, forderte sie dazu auf, ihre Drohung, zu Pompeius überzulaufen, doch wahr zu machen und ließ die Rädelsführer schließlich hinrichten. Die Situation war bereinigt und Gegner und Befürworter streiten sich, ob die Meuterei Ausdruck des allgemeinen Unwillens gegen Caesar und seinen Krieg war oder ob der Feldherr erneut seine Qualitäten in der Menschenführung und Psychologie bewiesen hatte.
Inzwischen hatte Caesar erfahren, dass er durch Marcus Aemilius Lepidus legal zum Diktator ernannt worden war. In Rom war er nicht nur deshalb wieder hoch im Kurs, sondern auch, weil er den Krieg in Spanien so unblutig gewonnen und seine ernorme militärische und physische Leistungsfähigkeit unter Beweis gestellt hatte (man bedenke, dass seit dem Übergang über den Rubicon erst knapp 10 Monate vergangen waren). In Rom veranstaltete der Diktator für elf Tage kein Blutbad, wie es zu Marius' und Sullas Zeit noch an der Tagesordnung gewesen wäre, sondern leitete Reformen ein. In nur elf Tagen erfüllte er ein unglaubliches Arbeitspensum und setzte zuerst auf alle freien Schlüsselpositionen Männer seines Vertrauens, so den Lepidus zum Statthalter in Spanien, und Decimus Brutus, der die Flotte vor Massilia kommandiert hatte, erhielt Gallien. Er setzte durch, was er schon früher gefordert hatte, dass nämlich die Söhne der von Sulla Proskribierten aus dem Exil zurückkehren durften und keiner Denunziation mehr ausgesetzt waren. Ebenso verlieh er den Transpadanern und den Gadesiern (Cadiz, Spanien) das von ihm versprochene Bürgerrecht, womit er bewies, dass er seine Versprechen an seine Klientel einlöste, auch wenn das vielleicht unangenehm war. In der wirtschaftlichen Umstrukturierung waren Caesars Regelungen gemäßigt, denn er setzte die popularen Forderungen nach Schuldenerlass, die früher zu seinem Programm gehört hatten, nicht durch, was ihm von seinen Gegnern den erbitterten Vorwurf der politischen Inkonsequenz einbrachte. Doch Caesar musste trotz seiner erfolgreichen Rückkehr nach Rom auch Rückschläge hinnehmen. Curio beispielsweise hatte zwar Sizilien befrieden können, war dann jedoch nach Afrika übergesetzt (gehalten von dem geflohenen Cato). Dort wurde er von dem Numiderkönig Iuba, der mit den Pompeianern unter einer Decke steckte, überrascht und vernichtend geschlagen. Curio fand dabei den Tod. Auch die von Caesar nach Illyricum entsandten Truppen waren von Pompeius aufgerieben worden. In dieser Situation war es nicht ratsam, die in Rom verbliebene Oberschicht, die die Hauptgläubiger waren, durch einen Schuldenerlass vor den Kopf zu stoßen (entsprechende Gerüchte wurden beispielsweise durch Cicero verbreitet). Um die Verhältnisse in Rom zu stabilisieren, entschied sich Caesar offensichtlich dafür, nur ein Gesetz zu erlassen, das die Anhäufung von Barvermögen verbot (um den Geldumlauf wieder in Gang zu bringen), einen Höchstzinssatz festlegte und die Schulden um etwa ein Viertel verminderte. Caesar entsprach damit der wirtschaftlichen Notwendigkeit im kriselnden Rom und vermied es gleichzeitig, wichtige Volksschichten gegen sich aufzubringen. Die Hoffnungen des Volkes wurden jedoch durch sein maßvolles Handeln enttäuscht.
Caesar reiste am 22.12.49 nach Brundisium, um sich nach Griechenland einzuschiffen. Dafür stand ihm nur eine lächerlich kleine Flotte zur Verfügung, denn schon vorher hatte der von ihm zurückgelassene Dolabella seine 40 Schiffe gegen die von Oktavius und Scribonius befehligte pompeianische Flotte verloren. Pompeius selbst hatte in Griechenland 9 Monate zur Verfügung gehabt, um seine Armee aufzubauen, er erhielt Truppenunterstützung aus Thessalien, Achaia, Böotien und Syrien, 7.000 Reiter wurden ihm aus Kreta uns Sparta bereitgestellt, Bithynien, Athen und Kerkyra (Korfu) stellten die Flotte.
Dennoch setzte Caesar am 4./5. Januar 48 bei stürmischer See über die Adria, denn er wollte endlich Pompeius zum Kampf stellen. Dass er es wagte, bei diesem Wetter überzusetzen, überraschte Bibulus, einst unglücklicher Mitkonsul Caesars und nun Kommandeur der Blockadeflotte, und er ließ Caesar mit 21.000 Mann nach Griechenland entkommen. Der frisch gelandete handelte rasch, denn nun hatte er die Initiative. Er nahm Oricum und Apollonia (in Südalbanien, Großraum Vlora) und schuf sich somit Nachschubbasen. Seine Flotte von 30 Schiffen, die er zurückgesandt hatte, wurde von dem endlich wachsamen Bibulus komplett vernichtet. Dennoch grämte sich der glücklose Bibulus über sein Versagen derart, dass er noch im März schwer erkrankte und starb.
Pompeius glaubte offenbar, alle Zeit der Welt zu haben, denn er rückte nur langsam auf Caesars Verbände zu und selbst, als er sie erreicht hatte, gab er sich mit Hinhalte- und Guerillataktik zufrieden, die offene Feldschlacht wollte er vermeiden. Aufgrund der Schwäche seiner Truppen konnte es auch Caesar nicht darauf ankommen lassen. Pompeius' abwartendes Verhalten wird ihm oft zum Vorwurf gemacht, denn kaum jemals war die Gelegenheit so günstig, Caesar zu vernichten. Vielleicht aber dachte er wie Caesar und wollte Blutvergießen so lange wie möglich vermeiden. Immerhin hatte Caesar selbst in Spanien bewiesen, wie man einen Feind besiegen kann, der von der Versorgung abgeschnitten ist, ohne eine blutige Schlacht zu schlagen. Doch trotz der schlechten Ausgangslage: Caesar war aus einem anderen Holz geschnitzt und hätte niemals aufgegeben. So belauerten sich die beiden Heere gegenseitig an den Ufern des Apsos.
Caesar unterbreitete dem abwartenden Pompeius ein weiteres Friedensangebot, was dieser jedoch rundweg ablehnte, denn schließlich hätte Caesar bei Verhandlungen in Rom jetzt die stärkere Position gehabt, gestärkt durch seine Siege von Spanien und Massilia und den Maßnahmen seiner elftägigen Diktatur. Caesar konnte die Kriegsschuld nun endgültig dem Pompeius in die Schuhe schieben und mit gutem Gewissen in jeden weiteren Kampf ziehen. Früher hatte Caesar allerdings schon aus denkbar ungünstigeren Positionen zum Frieden aufgerufen.
In den ersten Monaten konzentrierte sich das Kriegsgeschehen auf die Griechenstadt Dyrrhachion, Stützpunkt und Nachschubbasis der Pompeianer. In Gewaltmärschen versuchten beide Armeen, die Stadt als erste zu erreichen. Pompeius gewann den Wettlauf. Er besetzte die Stadt und ließ Gräben ausheben, die Caesar getreu dem Beispiel von Alesia mit einem Belagerungssystem umgeben ließ. Zuvor war er durch die soeben übergesetzten Truppen des Antonius verstärkt worden, denn eine Vereinigung der Truppenteile hatte Pompeius nicht verhindern können. Kurz nach dem Anlanden der Truppen Ende März vernichtete Pompeius dann Caesars Flotte erneut.
Ab Mitte April bis Anfang Juli belagerte Caesar Pompeius in Dyrrhachion. Dieser konnte sich durch seine Flotte ausreichend verpflegen, während Caesar und seine Soldaten sich Brote aus Wasser und Wurzeln backen mussten. Pompeius äußerte deshalb, bei seinen Gegnern handele es sich mehr um wilde Tiere als um Menschen. Auch eine weitere unschöne Szene fand statt. Bei einer angeblich verhandlungsbereiten Gesandtschaft des Pompeius befand sich auch der zu ihm übergelaufene Labienus, einst gefeierter Unterfeldherr Caesars in Gallien und nun sein erbitterter Feind. Dieser beschimpfte Caesars überraschte Abgeordnete wüst und ließ sie schließlich mit Steinwürfen vertreiben.
Caesar selbst brach in einem kleinen Fischerboot bei stürmischer See nach Italien auf, um dort seine restlichen Truppen abzuholen. Als der Fischer umkehren wollte, fuhr Caesar ihn an, er solle weiterfahren, schließlich trage sein Boot ihn und sein berühmtes Glück. Schließlich musste der Fischer aber doch aufgeben und kehrte an Land zurück.
Pompeius hatte schließlich genug von der würdelosen Belagerung und entschloss sich, sein militärisches Können ein letztes Mal unter Beweis zu stellen. Anfang Juli warf er seine Truppen gegen Caesars Belagerungsring. Der Angriff wurde zwar zurückgeschlagen, doch Pompeius hatte in Erfahrung gebracht, wo die Lücken in Caesars Verteidigungswerk waren. In der Nacht des 6.7.48 setzte Pompeius in einer Nacht- und Nebel-Aktion seine Leichtbewaffneten mit seiner Flotte im Rücken von Caesars Truppen ab und brach selbst mit voller Heeresmacht an der Südflanke des Belagerungsringes aus. Seine Armee zählte sicherlich weniger als die von Caesar erwähnten 50.000 Mann (aus dem Gallischen Krieg wissen wir, dass er die Truppenstärke des Gegners hemmungslos übertrieb, um seinen Ruhm zu vergrößern). Dennoch darf angenommen werden, dass er Caesar überlegen gewesen ist und vor allem seine Reiterei war wohl fünfmal so stark wie Caesars Reitereinheiten (ca. 7.000 : 1.400). Der nächtliche Ausbruch traf Caesar unvorbereitet, seine Truppen ergriffen in Panik die Flucht. Er selbst stellte sich dem Feind entgegen und wollte seine Soldaten an der Flucht hindern. Daraufhin drohten die eigenen Soldaten, ihn niederzumachen, und nur Caesars Leibwächter verhinderten Schlimmeres. Nach eigenen Angaben verlor er bei seiner schwersten und bittersten Niederlage an die tausend Mann (wahrscheinlich waren es mehr).
Caesar sammelte seine geschlagenen und demoralisierten Truppen. Auf Unterstützung konnte er nicht mehr hoffen, und so beschloss er, in Richtung Thessalien zu ziehen, wo die von ihm entsandten Truppenteile auf ihn warteten. Pompeius aber beging den schwersten Fehler seines Lebens, das sowohl von großen Plänen und Siegen als auch von verpassten Chancen und nicht genutzten Möglichkeiten gekennzeichnet war: Er begnügte sich damit, dem fliehenden Caesar langsam zu folgen.
In Thessalien verbesserte sich die Moral von Caesars Truppen schnell, denn es war reich an Nahrung im Gegensatz zum kargen Epirus. Caesar zog auf Apollonia, welches keine Anstalten machte, sich zu ergeben. An der thessalischen Stadt Gomphi statuierte er deshalb ein Exempel: Die Stadt wurde entgegen seinen sonstigen Gewohnheiten im Bürgerkrieg gestürmt und geplündert. Auch Metropolis fiel ihm zum Opfer.
Pompeius war mittlerweile auch eingetroffen und ab Ende Juli lagerten die beiden Heere auf der Ebene von Pharsalos. Warum Pompeius ausgerechnet jetzt die Schlacht suchte, nachdem er fast ein halbes Jahr abwartend gekämpft hatte, ist unbekannt. Vielleicht glaubte er endlich, den Sieg von Dyrrhachion ausnutzen zu können, wahrscheinlich wurde er auch von seinen Offizieren und Untergebenen zur Schlacht gedrängt, schließlich hatte man Caesar erst vor einem Monat eine empfindliche Niederlage beigebracht. Im Zelt des Pompeius wurde schon um die Nachfolge und den Besitz von Caesar und seinen Männern gestritten, was dieser spottend in seinen Büchern über den Bürgerkrieg erwähnt. Pompeius liess sich also von den ihn begleitenden Optimaten zur Schlacht überreden (unter anderem befand sich Domitius Ahenobarbus und Catos Freund und Spiesgeselle Favonius bei ihm) und damit beging er seinen nächsten Fehler. Caesar hatte zwar seine Situation konsolidiert, litt aber dennoch wieder zunehmend unter Versorgungsmängeln. Im Gegensatz zu Pompeius hatte er keine Klienten in Griechenland, die sich ihm verpflichtet fühlten. Wäre Pompeius bei seiner bisherigen anwartenden Taktik geblieben, so wäre ihm der Sieg vermutlich automatisch zugefallen: Er war ohnehin an Truppenstärke überlegen und Caesars hungernde Truppen hätte er wohl in demoralisiertem Zustand besiegen können. So aber wagte er, getrieben durch die über seinen Führungsstil frotzelnden Nobiles, überraschend die Schlacht.
Am 9.8.48 kam es zur Entscheidungsschlacht, die das Ende der Römischen Republik bedeutete (das hätte sie auf jeden Fall, denn auch Pompeius hätte wohl bei einem Sieg die Alleinherrschaft beansprucht). Caesar schätzte Pompeius Truppen auf 54.000 Mann (wieder ist eine Übertreibung wahrscheinlich, dennoch wird Pompeius überlegen gewesen sein). Caesar erwies sich als der bessere oder glücklichere Heerführer. Er sah voraus, dass Pompeius ein Umfassungsmanöver auf dem rechten Flügel durch seine starke Reiterei, kommandiert ausgerechnet durch Labienus, vorhatte. Caesar verstärkte den Flügel, der daraufhin in der Lage war, die pompeianische Reiterei zu vernichten. Nun handelte Caesar: Ohne zu zögern setzte er selbst zur Umfassung an, welche gelang und ihm den Sieg brachte. Über 6.000 Römer und etliche Tausende Auxilliare aus Pompeius' Armee kamen zu Tode. Caesars Armee stürmte das feindliche Lager. Pompeius selbst entkam um Haaresbreite auf einem schnellen Pferd durch das hintere Lagertor (porta decumana), nachdem er seine Rangabzeichen abgelegt hatte. Caesar aber beklagte am lautesten die gefallenen Römer und gestand sich ein, dass ihn die Geschichte verdammt hätte, hätte er nicht gezwungenermaßen zu den Waffen gegriffen.
Caesar stellte angewidert fest, dass das Zelt des Pompeius schon für die Siegesfeier vorbereitet war. Er selbst feierte seinen Sieg nicht, noch ließ er seine Wut an den Gefangenen aus, sondern begnadigte sie erneut. Auch die Korrespondenz des Pompeius, die dieser aufgrund seiner Eile nicht mehr vernichten konnte und die sicherlich etliche Gefangene und Römer in der Heimat kompromittiert hätte, verbrannte er (angeblich) ungelesen. Caesars Milde, clementia Caesaris, war tatsächlich erstaunlich. Damit gelang es ihm jedoch, die Verhältnisse zu beruhigen, da niemand Angst vor Proskription haben musste.
Neben all den anderen pompeianischen Nobiles begnadigte Caesar auch den Marcus Iunius Brutus, Sohn seiner ehemaligen geliebten Servillia, und sein zukünftiger Mörder. Schon vor der Schlacht hatte er ausdrücklich befohlen, ihn und einige Gefährten zu schonen.
Caesar verfolgte in den kommenden Wochen dem fliehenden Pompeius und reiste nach Kleinasien, wo Städte wie Ephesos sich ihm unterwarfen. Wieder vermied Caesar Racheakte oder Plünderungen. Schließlich erfuhr er, dass Pompeius sich nach Ägypten begeben hatte, wo er hoffte mit Hilfe des befreundeten Königshauses der Ptolemäer eine neue Armee aufstellen zu können. Früher hatte er den Ptolemaios XII., den berühmten Oboebläser, einmal unterstützt. Dieser war jedoch drei Jahre zuvor gestorben und seine Nachfolger wollten es sich nicht mit Caesar, der mit 50 Schiffen und 4.000 Mann Alexandria anlief, verderben. Als Caesar am 4.10.48 in Alexandria landete, wurde ihm als Willkommensgeschenk der Kopf des am 28.9. ermordeten Pompeius, 58 Jahre alt, zu Füssen gelegt.
Caesar soll schockiert gewesen sein und Tränen in den Augen gehabt haben. Er beerdigte den Kopf seines ehemaligen Triumvirs und Schwiegersohnes im Tempel der Nemesis vor den Toren Alexandrias, angewidert von dem Versuch des alexandrinischen Königshauses, sich bei ihm durch diesen Mord anzubiedern. Den Siegelring des Pompeius schickte er als Beweis seines endgültigen Sieges nach Rom.